大學部
本系已有普通化學實驗室、有機化學實驗室、分析化學實驗室、臨床微生物學實驗室、臨床血液學實驗室、臨床鏡檢學實驗室、臨床生化學實驗室及臨床血清免疫學實驗室，供學生實驗用。
實驗室中除了一般的基礎設備外，尚有氣相層析儀、氣相層析/質譜儀、高效液相層析儀、酵素反應讀出器、一般顯微鏡、倒立顯微鏡、螢光位相差顯微鏡、全血細胞計數儀等貴重分析儀器，除提昇研究外，也有助於教學的提昇。
碩士班
(1) 學校依需求建置，包含「電子顯微鏡室」、「共軛焦顯微鏡室」、「原子力顯微鏡室」、「流式細胞分析儀室」、「核酸自動定序儀室」、「第一共同儀器室」、「第二共同儀器室」等校級共用儀器資源。
(2) 本碩士班的重點教學課程，蛋白質體學及生物資訊課程均包含實驗及實作課程。生物技術實驗課程則依各實驗性質，使用現有之專用教學實驗室，或由各任課教師提供適當之實驗場所供學生進行實驗。